面對脆弱的生態系統，北控水務在《中國生物多樣性保護戰略與行動計劃（2011~2030）》的指導下，積極投身生物多樣性保護和生態系統修復的工作中，深入貫徹落實《中華人民共和國環境影響評價法》，將生物多樣性保護理念落實到公司項目的建設、營運和管理之中。此外公司還製定《北控水務集團生物多樣性保護管理辦法》，充分尊重並嚴格遵守海外營運地相關法律法規，立足北控水務綠色水務業務特性，實現企業與生態環境的和諧發展。
北京市通州區蕭太後河黑臭治理
蕭太後河位於北京市東南部地區，是連接中心城區和北京城市副中心的重要的河流紐帶，其中口子村-馬營村段為2017年通州區53條黑臭河道之一。
北控水務自2015年7月起開始實施蕭太後河景觀提升及生態修複工程，如今，河道水生態麵貌已煥然一新。水生態現狀調查結果顯示，河道內已出現多種浮遊動物、底棲動物、大型魚類、水生植物種群，標誌著水生態係統已基本恢複完整。河道內水生植物布置有序，為河道水質持續提升提供了保障，同時也極大改善了生境，為動植物提供舒適的棲息地。目前已吸引白腰草鷸、小鷿鷉水鷚等多種水鳥前來過冬或棲息生活。
經過北控水務的不懈努力，蕭太後河已由“榜上有名”的黑臭河道變身為生機盎然的典型示範河道。