面对脆弱的生态系统，北控水务在《中国生物多样性保护战略与行动计划（2011~2030）》的指导下，积极投身生物多样性保护和生态系统修复的工作中，深入贯彻落实《中华人民共和国环境影响评价法》，将生物多样性保护理念落实到公司项目的建设、营运和管理之中。此外公司还制定《北控水务集团生物多样性保护管理办法》，充分尊重并严格遵守海外营运地相关法律法规，立足北控水务绿色水务业务特性，实现企业与生态环境的和谐发展。
北京市通州区萧太后河黑臭治理
萧太后河位于北京市东南部地区，是连接中心城区和北京城市副中心的重要的河流纽带，其中口子村-马营村段为2017年通州区53条黑臭河道之一。
北控水务自2015年7月起开始实施萧太后河景观提升及生态修复工程，如今，河道水生态面貌已焕然一新。水生态现状调查结果显示，河道内已出现多种浮游动物、底栖动物、大型鱼类、水生植物种群，标志着水生态系统已基本恢复完整。河道内水生植物布置有序，为河道水质持续提升提供了保障，同时也极大改善了生境，为动植物提供舒适的栖息地。目前已吸引白腰草鹬、小鷿鷉水鹨等多种水鸟前来过冬或栖息生活。
经过北控水务的不懈努力，萧太后河已由“榜上有名”的黑臭河道变身为生机盎然的典型示范河道。